个人简介：

南方科技大学医学院讲席教授、获得国家级人才头衔，计算系统生物学及生物信息学者。2023年1月加入南方科技大学医学院。之前为美国佐治亚大学生物化学系“校董事会教授”及“佐治亚科学协会著名学者讲席教授”(2003-2022)，佐治亚大学生物信息研究所首任所长(2003-2011)。他是AAAS Fellow及IEEE Fellow。1991年获得美国科罗拉多大学计算机科学博士学位（组合数学和算法）。1993年加入美国橡树岭国家实验室，工作十年，历任助理研究员、研究员、资深研究员及课题组长（senior staff scientist and group leader）。初期参与到人类基因组测序计划，从事在基因组中搜寻编码蛋白基因的计算方法及软件实施。进而从事了蛋白三级结构预测的计算方法研发，及微生物基因组的统计分析、代谢系统建模和功能预测。2003年，他的研究团队加盟佐治亚大学，成立生物信息研究所,同时入职佐治亚大学生化系。自2008年起，开始通过肿瘤组学数据研究肿瘤发生、发展、转移的推手和机理。共发表近400篇学术论文，五部著作，包括世界上第一部“肿瘤信息学”专著,引文20000余次、H指数为71。自1995年，共培养38位博士后，20余位博士，其中19人在美国研究型大学任教，20多人任教于欧洲，韩国及国内各大学。自2003年起，每年在国内主持召开“生物信息学国际研讨会(2003-2013)，及“肿瘤系统生物学国际研讨会”(2011-),并每年主讲“生物信息学”或“肿瘤信息学”暑期课程，共吸引2万余人参加。

研究领域：

1993 - 1995年，使用数理统计及计算方法，在人类基因组寻找蛋白编码基因。所研发的计算机程序GRAIL-II为90年代中期至2000年代中期，为人类基因组学者的重要工具，且在相当一段时间，这一程序为相关领域的金标准，文章引用次数超1000篇； 

1995 - 1999年，使用生物统计及计算方法，研发了蛋白三维结构预测程序PROSPECT及RAPTOR，两者在1990年代及接下来的15年广泛被学界使用，引用次数超2000篇； 

1998 - 2012年，从事微生物系统生物学研究，主要关注（1）微生物在自然界中碳循环的作用；和（2）微生物在降解纤维素中的作用机理。目标为：通过大规模的计算模拟研究相关微生物的代谢网络、分析通过基因工程改变这些微生物的代谢方式，来大幅提升（1）碳回收的能力；及（2）产生生物能源的可能性、及可能的目标基因或代谢通路。共发表100 余篇文章，最高单篇文章引用次数超1000；

2007 - 至今：从事肿瘤系统生物学研究。通过对肿瘤组织的大数据分析、数学建模，研究肿瘤发生、发展及转移的主要推手及重要机理。自2012年起，逐渐建立一个全新的肿瘤进化理论，即肿瘤细胞中的代谢重编程，是为了产生足够的H(+)来平衡芬顿反应产生的OH(-)，进而维持细胞pH的稳定性及细胞的存活。徐鹰教授团队现在的基本假设是：肿瘤的所有临床表现都是其为生存而产生的代谢中编程所导致的。这一全新的，还在逐步完善的肿瘤进化理论将为肿瘤的预防，早期诊断，治疗提供全新的思路； 

2020 - 至今，阿尔兹海默症发生发展机理的研究。

获奖情况及荣誉：

2001年，获得由美国R&D杂志颁发给每年度最重要的100项发明创造的R&D100奖；

2003年，获得美国佐治亚州癌症协会杰出学者称号；

2003年，获得佐治亚州科学协会著名学者称号；

2007年，当选美国科学促进会会士（AAAS Fellow）；

2008年，教育部特聘讲座教授 （吉林大学计算机系）；

2012年，中组部讲座教授 （吉林大学计算机系）；

2016年，获得吉林省长白山友谊奖；

2018年，吉林省国际科学技术合作奖；

2021年，当选国际电机电子工程学会会士（IEEE Fellow）。

学术任职：

自1998年，以主编、副主编、编委的身份共服务于十几个专业杂志，包括：

2009年 - 至今，副主编， Journal of Computer Science and Technology；

2013年1月–2016年12月，任IEEE/ACM Transaction on Computational Biology and Bioinformatics 主编；

以及Frontiers in Oncology，Journal of Molecular Cell Biology，Genes and Diseases，Mathematical Biosciences 等杂志的编委。

工作经历：

1986 - 1991年，美国科罗拉多大学计算机科学系研究助理；

1991 - 1993年，美国科罗拉多矿业学院数学系，助理教授；

1993 - 1997年，美国橡树岭国家实验室计算机科学与数学部助理研究员、研究员；

1997 - 2003年，美国橡树岭国家实验室科学部资深研究员、课题组长；

2003 - 2022年，美国佐治亚大学生物化学系，“校董事会教授”和“佐治亚州科学协会著名学者”讲席教授；

2003 - 2011年，美国佐治亚大学生物信息研究所首任所长；

2023年1月，南方科技大学医学部 讲席教授。

在过去25年，担任过以下单位的兼职教授

1997年 - 至今，吉林大学计算机科学与技术学院兼职教授；

2002年，浙江大学生物信息学研究所兼职教授；

2005年，北京大学生命科学院兼职教授；

2006年，台湾省成功大学统计系兼职教授；

2007年，台湾省中央大学系统生物研究所兼职教授；

2007年，美国佐治亚理工学院电机系兼职教授；

2018年，在吉林大学第三临床医院成立吉林省科学家工作室。

教育背景：

1978 - 1982年，吉林大学计算机系获学士学位；

1982 - 1985年，在吉林大学计算机系获硕士学位；

1986 - 1991年，在美国科罗拉多大学计算机科学系获博士学位。

近期发表的论文：

1. Sha Cao, Xiwen Zhu, Chi Zhang, Hong Qian, Heinz-Bernd Schuttler, Jianping Gong, Ying Xu; Competition between DNA Methylation, Nucleotide Synthesis, and Antioxidation in Cancer versus Normal Tissues. Cancer Res 1 August 2017; 77 (15): 4185–4195. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-17-0262

2. Han Zhang, Tanner Yohe, Le Huang, Sarah Entwistle, Peizhi Wu, Zhenglu Yang, Peter K Busk, Ying Xu, Yanbin Yin, dbCAN2: a meta server for automated carbohydrate-active enzyme annotation, Nucleic Acids Research, Volume 46, Issue W1, 2 July 2018, Pages W95–W101, https://doi.org/10.1093/nar/gky418

3. Huiyan Sun, Yi Zhou, Michael Francis Skaro, Yiran Wu, Zexing Qu, Fenglou Mao, Suwen Zhao, Ying Xu; Metabolic Reprogramming in Cancer Is Induced to Increase Proton Production. Cancer Res 1 March 2020; 80 (5): 1143–1155. https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-19-3392

4. Yi Zhou, Huiyan Sun, Ying Xu, Metabolic reprogramming in cancer: the bridge that connects intracellular stresses and cancer behaviors, National Science Review, Volume 7, Issue 8, August 2020, Pages 1270–1273, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa082

5. Yi Zhou, Wennan Chang, Xiaoyu Lu, Jin Wang, Chi Zhang, Ying Xu, Acid-base homeostasis and implications to the phenotypic behaviors of cancer, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022, ISSN 1672-0229, https://doi.org/10.1016/j.gpb.2022.06.003.

6. Renbo Tan, Yi Zhou, Zheng An, Ying Xu, WITHDRAWN: Understanding cancer as a survival process under persistent stresses, Medicine in Omics, 2021, 100009, ISSN 2590-1249, https://doi.org/10.1016/j.meomic.2021.100009.

7. Dingyun Liu, Feiyang Xing, Yueying Wang, Jun Xiao, Zheng An, Ying Xu, Molecular bases of morphologically diffused tumors across multiple cancer types, National Science Review, Volume 9, Issue 11, November 2022, nwac177, https://doi.org/10.1093/nsr/nwac177

8. Renbo Tan, Yi Zhou, Zheng An, Ying Xu, Cancer is a survival process under persistent microenvironmental and cellular stresses, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2022, ISSN 1672-0229, https://doi.org/10.1016/j.gpb.2022.03.002.

9. Jun Bai, Renbo Tan, Zheng An, Ying Xu, Quantitative estimation of intracellular oxidative stress in human tissues, Briefings in Bioinformatics, Volume 23, Issue 4, July 2022, bbac206, https://doi.org/10.1093/bib/bbac206

10. Liu Dingyun, Bai Jun, Chen Qian, Tan Renbo, An Zheng, Xiao Jun, Qu Yingwei, Xu Ying. Brain metastases: It takes two factors for a primary cancer to metastasize to brain, Frontiers in Oncology, December 2022, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fonc.2022.1003715.