个人介绍：

宋毅，南方科技大学生科院博士生导师，独立课题组长（副研究员）。博士毕业于复旦大学生物化学系，从事植物逆境分子生物学研究；2017-2021年在英属哥伦比亚大学微生物与免疫系开展根际微生物组学研究。自2017年以来，围绕逆境下植物如何调动根际微生物作为“第二基因组”的抗逆潜能，尝试揭示根际互惠互作抗逆微生态同盟形成的遗传调控机制和生理生态学意义。以一作/通讯作者在Nat Plants（2篇）、Sci Adv、Nat Commun（2篇）、ISME J、Microbiome等期刊发表论文，研究成果被Science、Cell、Nat Food、Nat Microbiol、Mol Plant等期刊正面引用或亮点专评。入选深圳市优青，主持国家自然科学基金面上项目两项，广东省广创团队（核心成员），深圳市科创委稳定支持等项目。担任中国土壤学会土壤生物与生化专业委员会青年委员、中国微生物学会微生物组专业委员会青年委员。应邀为Cell Host Microbe、Nat Microbiol、Curr Biol、ISME J、Soil Biol Biochem、Microbiome等期刊审稿。

研究领域：

本课题组聚焦逆境下根际土壤微生态健康遗传调控机制，以及植物土壤反馈的分子遗传学和生理生态学原理。率先将正向遗传学筛选的研究体系引入根系与益生菌互作研究领域，揭示了抑病土壤现象背后的关键分子生态学机制，推动了根际土壤微生态领域从生理生态学相关性研究向分子遗传学机制性研究的转变（Nature plants，2021a，ESI高被引论文）。发现植物群体存在塑造“核心干旱响应微生物组”的进化保守性（ISME Journal，2025）。提出干旱下根系可能也存在内源遗传信号调控抗旱菌群的重塑（Nature plants，2021b），结合植物遗传学与整合多组学手段，系统证实了干旱下植物根毛发育的内源遗传信号参与塑造核心抗旱菌群（Nature communications，2024）。应邀系统梳理了植物向菌群求救分子遗传学机制（iMeta，2022，期刊年度最佳综述论文）。课题组构建了根系与微生物互作的高效研究体系，解析了根系与益生菌和病原菌差异化互作的单细胞图谱，为精准调控根系与敌友互作的途径奠定研究基础（Nature communications，2025）。

在此基础上将:

1) 揭示玉米、番茄等粮食和蔬菜作物根系适应土壤复杂微生物组环境的免疫和代谢遗传调控机制;

2) 揭示土壤微生物与宿主有益互作的分子遗传学与生理生态学机制；

3) 构建根际土壤益生菌资源高效发掘利用的微生物组“仿生学”研究范式，指导根际和农田土壤微生态健康的综合调控，增强农业生态系统应对全球变化的韧性。

代表性论文：

（论文更新请见个人主页）

[13] Pengfei Meng1#, Zhenghong Wang1#, Zheng Qu2#, ……, Song, Y.* Stress responsive phytohormone pathways are generally required for shaping drought-alleviating microbiome. Under review. 最后通讯 

[12]Hao, Haibo .……Song, Y.*, Zhu H.*, Zhang D.* “Phenolic acid biosynthesis is associated with deleterious microbiome changes during Plasmodiophora brassicae-induced clubroot in pakchoi.” Microbiome vol. 14,1 92. 并列通讯

[11] Yang, Q., Li, Z., Guan, K., Wang, Z., Tang, X., Hong, Y., … & Song, Y.* (2025). Comparative single-nucleus RNA-seq analysis revealed localized and cell type-specific pathways governing root-microbiome interactions. Nature Communications, 16(1), 3169. 最后通讯 

[10] Wang, Z., Li, Z., Zhang, Y., Liao, J., Guan, K., Zhai, J., … & Song, Y.* (2024). Root hair developmental regulators orchestrate drought triggered microbiome changes and the interaction with beneficial Rhizobiaceae. Nature Communications, 15(1), 10068. 唯一通讯作者  

[9] Li, Z., Wang, Z.*, Zhang, Y., Yang, J., Guan, K., & Song, Y.* (2025). Identification of stress-alleviating strains from the core drought-responsive microbiome of Arabidopsis ecotypes. The ISME Journal, 19(1), wraf067. 最后通讯作者 

[8] Chen, N.,……,Song, Y.*, Li Y.* (2025).Autoinducing Peptides Regulate Antibiotic Production to Potentially Shape Root Microbiome. Science advances, 11(25): eadw5076. 并列通讯作者  

[7] Zhenghong Wang, Song, Y.*. Toward understanding the genetic bases underlying plant‐mediated “cry for help” to the microbiota. iMeta e8，(2022).  唯一通讯

[6] Xin, J., Zhou, Y., Qiu, Y., Geng, H., Wang, Y., Song, Y.*, … & Yan, K.* (2024). Structural insights into AtABCG25, an angiosperm-specific abscisic acid exporter. Plant Communications, 5(1). 并列通讯 

[5] Song, Y., Wilson A J, Zhang X C, et al. FERONIA restricts Pseudomonas in the rhizosphere microbiome via regulation of reactive oxygen species[J]. Nature plants, 2021, 7(5): 644-654.

(Commented by Molecular Plant/ Editor’s Highlight：FERONIA-Goddess Receptor in Plants)  https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33972713/ 

[4] Song, Y., Haney C H. Drought dampens microbiome development[J]. Nature plants, 2021, 7(8): 994-995.

[3] Song, Y.,  Chuangwei Yang, Shan Gao, Wei Zhang, Lin Li, Benke Kuai. (2014). Age-triggered and dark-induced leaf senescence require the bHLH transcription factors PIF3, 4, and 5. Molecular plant, 7(12), 1776-1787.

[2] Song, Y., et al., “Molecular and physiological analyses of the effects of red and blue LED light irradiation on postharvest senescence of pak choi.” Postharvest Biology and Technology 164 (2020): 111155.

[1] Song, Y., #, Jiang, Y. #, Kuai, B., & Li, L. (2018). circadian clock-associated 1 inhibits leaf senescence in Arabidopsis. Frontiers in plant science, 9, 280. # equal contributions.